ก่อนจะกล่าวถึง MSA ในแอฟริกา ก็จำต้องพิจารณาถึงขนาดทวีปอันมหึมาเสียก่อนมีโบราณสถานและหลักฐานต่าง ๆ ที่มาจากเขตต่าง ๆ ข้ามทวีปและเพื่อความเรียบง่าย มักจะแบ่งออกเป็น 5 เขต คือ[5][6]

1. แอฟริกาเหนือ ซึ่งมักจะพิจารณารวมกับเอเชียตะวันตกเฉียงใต้ร่วมกับยุโรป บ่อยครั้งกว่ารวมกับแอฟริกาที่เหลือ ซึ่งเป็นเรื่องถกเถียงที่ยังไม่ยุติ
2. แอฟริกาตะวันออก ซึ่งเริ่มคร่าว ๆ ตั้งแต่ที่ราบสูงของเอธิโอเปียตลอดจนถึงภาคใต้ของเคนยา
3. แอฟริกากลาง ซึ่งอาจเป็นเขตที่สำรวจน้อยที่สุด เริ่มจากชายแดนของแทนซาเนียและเคนยาแล้วรวมแองโกลา
4. แอฟริกาใต้ ซึ่งรวมโบราณสถานถ้ำเป็นจำนวนมาก
5. แอฟริกาตะวันตก

ในแอฟริกาเหนือและตะวันตก ความชุ่มชื้นที่เกิดสลับกับความแห้งแล้งของทะเลทรายสะฮารา ทำให้ได้โบราณสถานต่าง ๆ ที่ให้หลักฐานดีมาก ตามด้วยดินที่พืชไม่สามารถขึ้นได้ (จึงมีหลักฐานน้อย) แล้วตามด้วยหลักฐานของประชากรมนุษย์อีกเมื่อความแห้งแล้งเบาลงการสงวนหลักฐานในเขตสองแห่งนี้จึงสลับกันระหว่างเยี่ยมกับน่าเศร้า แต่หลักฐานที่พบก็ได้แสดงถึงการปรับตัวของมนุษย์ต้น ๆ ให้เข้ากับภูมิอากาศที่ไม่เสถียรได้มีนักวิจัยที่มองว่าแอฟริกาเหนือต่างจากแอฟริกาที่เหลือ เหมือนกับจะมีพัฒนาการทางวัฒนธรรมต่างหาก ซึ่งเป็นการสร้างความแตกต่างที่ไร้เหตุผลและล้าสมัย[6]

ส่วนแอฟริกาตะวันออกมีหลักฐานที่หาอายุได้น่าเชื่อถือมากที่สุด โดยใช้การหาอายุจากคาร์บอนกัมมันตรังสีกับตะกอนที่เป็นเถ้าภูเขาไฟ และมีโบราณสถานยุค MSA อันเก่าแก่ที่สุดส่วนหนึ่งแต่ซากสัตว์สงวนได้ไม่ค่อยดี และมาตรฐานในการขุดค้นและการจัดหมวดหมู่เครื่องมือหินก็ไม่มีจนกระทั่งเร็ว ๆ นี้โดยไม่เหมือนแอฟริกาเหนือ การเปลี่ยนเทคโนโลยีเครื่องมือหินจากสมัยหนึ่งไปสู่อีกสมัยหนึ่งไม่ชัดเจนเท่า น่าจะเพราะภูมิอากาศดีกว่าซึ่งทำให้มนุษย์สามารถอยู่ในที่เดียวกันอย่างต่อเนื่อง[5][6][7]

แอฟริกากลางจะออกคล้ายแอฟริกาตะวันออก แต่ต้องเพิ่มงานโบราณคดีในเขตนี้ส่วนแอฟริกาใต้มีโบราณสถานที่เป็นถ้ำจำนวนมาก และโดยมากจะแสดงจุดเริ่มและจุดยุติของเทคโนโลยีเครื่องมือหินแบบเป็นพัก ๆ อย่างชัดเจนงานวิจัยในเขตนี้ทั้งต่อเนื่องและทำเป็นมาตรฐาน ทำให้เทียบสิ่งที่พบจากที่ต่าง ๆ ในเขตได้อย่างน่าเชื่อถือหลักฐานโบราณคดีเกี่ยวกับกำเนิดพฤติกรรมปัจจุบันของมนุษย์มักจะมาจากเขตนี้ คือจากโบราณสถานต่าง ๆ รวมทั้งถ้ำบลอมโบส์ (Blombos Cave), Howieson's Poort Shelter, โบราณสถานสติลเบย์ (Stillbay), และแหลมพินนะเคิล (Pinnacle Point)[5][6]